Ban Chỉ đạo do Chủ tịch UBND TPHCM Phan Văn Mãi làm Trưởng ban; các phó trưởng ban gồm: Phó Chủ tịch Thường trực HĐND TPHCM, Trưởng Ban Tuyên giáo Thành ủy, Trưởng ban Ban Dân vận Thành ủy, Phó Chủ tịch Thường trực Ủy ban MTTQ Việt Nam TPHCM. Các Phó Chủ tịch UBND TPHCM làm phó trưởng ban thường trực các lĩnh vực được phụ trách. Thành viên Ban chỉ đạo còn có giám đốc các sở, ban, ngành, Chủ tịch UBND TP Thủ Đức và các quận, huyện có dự án trọng điểm…

Ban Chỉ đạo các dự án trọng điểm có quyền chỉ đạo, kiểm tra, đôn đốc chủ đầu tư công trình, dự án, các tổ chức tư vấn, các nhà thầu đảm bảo tiến độ, chất lượng công trình; đề xuất mời cơ quan thanh tra, kiểm toán thực hiện kiểm tra đột xuất, định kỳ các công trình, dự án khi cần thiết để phòng ngừa từ xa, từ sớm các sai sót. Ban Chỉ đạo cũng được đề xuất kiểm điểm, thay thế chủ đầu tư, nhà thầu tham gia yếu kém, không đáp ứng yêu cầu tiến độ dự án hoặc triển khai dự án không đảm bảo chất lượng, hiệu quả đầu tư. Đồng thời, có nhiệm vụ nghiên cứu tham mưu UBND TP chỉ đạo, triển khai đầu tư và đẩy nhanh tiến độ thực hiện các dự án trọng điểm gồm tuyến Metro số 1, Metro số 2, đường Vành đai 3, Vành đai 4, rạch Xuyên Tâm, kênh Tham Lương - Bến Cát, Khu Công nghệ Môi trường Xanh... kết hợp với việc khai thác các quỹ đất xung quanh dự án trọng điểm.

Bên cạnh đó, Ban chỉ đạo còn có nhiệm vụ nghiên cứu và xây dựng mô hình phát triển đô thị theo định hướng phát triển giao thông công cộng (TOD); rà soát và đề xuất UBND TPHCM các dự án ưu tiên đầu tư kết cấu hạ tầng giao thông, kỹ thuật, xã hội để khai thác hiệu quả quỹ đất xung quanh nhà ga và dọc các dự án nêu trên; rà soát phạm vi, quy mô đầu tư, phương án kỹ thuật, công nghệ, tác động môi trường, tổng mức đầu tư dự án, quỹ đất công dọc tuyến đường và quy hoạch đất nông nghiệp tại khu ít dân cư để tạo quỹ đất sạch. Quy hoạch đối với các dự án trọng điểm đảm bảo cơ sở pháp lý về quy hoạch; kêu gọi đầu tư dự án; tham gia chỉ đạo giải quyết các khó khăn, vướng mắc, khiếu nại, khiếu kiện phát sinh trong quá trình triển khai…