Mục tiêu của chương trình hợp tác của hai đơn vị là chuẩn hóa và đẩy mạnh các hoạt động đào tạo, cập nhật các tiến bộ y khoa và ứng dụng công nghệ hàng đầu trong công tác khám và chữa bệnh.

Trọng tâm của nội dung hợp tác là hai đơn vị trao đổi nguồn nhân lực chất lượng cao nhằm thực hiện công tác đào tạo, giảng dạy, nghiên cứu khoa học và thực hành lâm sàng; từ đó đào tạo đội ngũ bác sĩ, nhân viên y khoa chất lượng cao, phục vụ công tác khám, chữa bệnh của bệnh viện.

Cụ thể, các giáo sư, bác sĩ đầu ngành của Bệnh viện Bình Dân sẽ  tham gia công tác giảng dạy, chịu trách nhiệm về nội quy, quy chế đào tạo, nội dung giảng dạy của Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch. Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch đưa cán bộ, học viên, sinh viên của trường sang học tập, trực tiếp tham gia vào công tác khám, chữa bệnh và làm công tác chuyên môn tại Bệnh viện Bình Dân; đồng thời hỗ trợ cho Bệnh viện Bình Dân tuyển dụng các bác sĩ nội trú, đảm bảo nguồn nhân lực chất lượng cao, phục vụ mục tiêu phát triển chuyên khoa sâu.

Ngoài ra, Bệnh viện Bình Dân và Trường Đại học Y Khoa Phạm Ngọc Thạch cùng thiết kế chương trình học và thực hiện đào tạo cho sinh viên y khoa, bác sĩ nội trú, cán bộ giảng, đào tạo sau đại học, đào tạo liên tục và nâng cao cho các bác sĩ chuyên khoa; thành lập Hội đồng Khoa học viện-trường để sàng lọc, đánh giá và thông qua các đề tài nghiên cứu của các học viên sau đại học, giảng viên của trường, bác sĩ của bệnh viện.