Mức tăng học phí của đối với các ngành đào tạo năm thứ nhất theo đúng lộ trình Nghị định 81/2021/NĐ-CP. Đối với các ngành đào tạo từ năm thứ hai trở về trước vẫn giữ mức học phí sàn thấp nhất.

Đối với các ngành và chuyên ngành đào tạo sau đại học, nhà trường đã xây dựng học phí không quá 2,0 lần mức trần thực hiện đúng theo Nghị định 81/2021/NĐ-CP tại điểm a khoản 2 Điều 9. Mức trần học phí đào tạo sau đại học ngành Y hiện là 42 triệu đồng/năm.

Theo PGS.TS. Nguyễn Thanh Hiệp, hiện các mức thu học phí của Trường ĐHYK Phạm Ngọc Thạch đã tính đúng nhưng chưa đủ, chỉ đảm bảo một phần chi phí cho việc dạy học. Đầu tư và bảo trì cơ sở vật chất nhà trường một phần do UBND TPHCM hỗ trợ và các nguồn thu từ đào tạo khác của nhà trường.

Trường Đại học Y khoa (ĐHYK) Phạm Ngọc Thạch là cơ sở giáo dục đại học công lập, có chức năng giáo dục, đào tạo nhân lực y tế, hợp tác quốc tế về đào tạo và nghiên cứu, trao đổi khoa học, phát triển và chuyển giao công nghệ, cung cấp dịch vụ y tế và phục vụ cộng đồng. Trường đã đào tạo và cung cấp nhiều thế hệ nhân viên y tế (bác sĩ, dược sĩ, điều dưỡng…) cho hệ thống y tế TPHCM và cả nước, trở thành một địa chỉ đào tạo uy tín và chất lượng trong các lĩnh vực đào tạo y khoa cả cấp đại học và sau đại học. Trường được UBND TPHCM giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm tài chính, thực hiện cơ chế đảm bảo chi thường xuyên. Năm học 2022 - 2023, trường tuyển sinh 10 ngành đạo tạo đại học, 10 ngành và 59 chuyên ngành đào tạo sau học.