Từ ngày 1/10/2017, toàn TPHCM có 51/54 bệnh viện công lập của thành phố bắt đầu tự chủ tài chính, ước tính hàng năm sẽ tiết kiệm cho ngân sách thành phố 1.567 tỷ đồng cho hoạt động chi thường xuyên của các bệnh viện. Để có thể phát triển bền vững, bên cạnh việc phải đẩy mạnh tiết kiệm chi, các bệnh viện phải nỗ lực cải tiến chất lượng phục vụ và chất lượng khám chữa bệnh nhằm tạo niềm tin và thu hút người bệnh. Đối với các bệnh viện quận/huyện, nhất là các bệnh viện huyện ngoại thành và các bệnh viện quận ven nội thành, đây là một thách thức không nhỏ vì vốn trước đây chưa thật sự thu hút người bệnh. Điều đáng mừng là đã có những dấu hiệu cho thấy tất cả bệnh viện thuộc thành phố đang chuyển động theo hướng lấy người bệnh làm trung tâm, không ngừng cải tiến năng lực chuyên môn và đổi mới phương thức quản lý bệnh viện theo hướng “doanh nghiệp công ích”.

Cụ thể như BV huyện Cần Giờ, năm 2016 và những năm về trước được ngân sách cấp gần 14 tỷ đồng thì năm 2017 chỉ còn 5 tỷ đồng và sẽ không còn nhận ngân sách kể từ năm 2018, sẽ phải đối diện với nhiều thách thức. Do vị trí địa lý đặc biệt của huyện nên BV huyện Cần Giờ chủ yếu phục vụ người dân trên địa bàn huyện, khó thu hút và tăng số lượt người dân nơi khác đến khám chữa bệnh. BV huyện Cần Giờ đã đưa ra nhiều giải pháp thu hút để người bệnh địa phương không phải đi xa, vượt tuyến. Một trong những giải pháp mang tính quyết định cho sự phát triển và thích ứng với tình hình mới là bệnh viện phải phát triển chuyên môn kỹ thuật đáp ứng mô hình bệnh tật của người dân trên địa bàn, hạn chế thấp nhất chuyển viện. Cùng với việc ngành y tế thành phố triển khai luân phiên bác sĩ của các bệnh viện thành phố đến hỗ trợ hoạt động khám chữa bệnh và chuyển giao kỹ thuật, UBND huyện sẽ quan tâm tạo điều kiện thuận lợi, có chính sách để thu hút và bổ sung cán bộ y tế cơ hữu cho bệnh viện, nhất là bác sĩ vì huyện hiện chỉ có 18 bác sĩ.

Các BV Bình Chánh, Nhà Bè, Củ Chi và quận 12 đã có nhiều nỗ lực đưa công suất sử dụng gường bệnh đạt trên 70%, đặc biệt, BV quận 12, công suất giường bệnh năm 2016 đã lên đến  106,2%. Tuy nhiện, các bệnh viện này cũng sẽ gặp nhiều thách thức trong năm 2018 khi không còn được cấp ngân sách họat động; nhất là BV huyện Bình Chánh, ngân sách cấp giảm nhanh từ trên 20 tỷ đồng (2016) xuống còn trên 10 tỷ đồng (2017); kế đến là BV huyện Củ Chi, ngân sách cấp từ gần 15 tỷ đồng (2016), xuống còn gần 10 tỷ đồng (2017).

Có một thuận lợi là nhân lực tại các bệnh viện này không biến động trong năm 2017; riêng BV huyện Củ Chi, số bác sĩ tăng từ con số 12 vào năm 2016 lên con số hiện nay là 39. Một phần là nhờ lãnh đạo bệnh viện chủ động đến các trường đại học y khoa để chào mời sinh viên mới tốt nghiệp và chủ động tuyển dụng bác sĩ ở các tỉnh lân cận, tạo điều kiện cho bác sĩ đi học tại các bệnh viện tuyến cuối của thành phố; đặc biệt là Huyện uỷ và UBND huyện có chính sách đãi ngộ để các bác sĩ gắn bó lâu dài với đia phương.