Trung tâm có trụ sở tại 13Bis Nguyễn Đình Chính, Phường 8, quận Phú Nhuận. Trung tâm có quy mô gồm 1 tầng hầm, 7 tầng cao và có trang thiết bị phòng thí nghiệm. Trung tâm Quan trắc Tài nguyên và Môi trường là đơn vị trực thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường TPHCM với chức năng triển khai thực hiện nhiệm vụ về quan trắc, giám sát, đánh giá, điều tra về tài nguyên và môi trường, công bố thông tin về chất lượng môi trường đến cộng đồng, cảnh báo/dự báo chất lượng môi trường phục vụ cho công tác quản lý môi trường cũng như đời sống và nhu cầu thông tin của người dân Thành phố; Thu thập và cung cấp dữ liệu quan trắc về môi trường, trong đó có dữ liệu quan trắc tự động nước thải của các nguồn thải lớn trên địa bàn Thành phố.

Hiện nay, dữ liệu quan trắc nước thải tự động tại các khu chế xuất, khu công nghiệp trên địa bàn Thành phố đang được truyền về Trung tâm thông qua hệ thống server và hiển thị trên các màn hình về các thông số chất lượng nước đầu ra của hệ thống xử lý nước thải, qua đó thông tin kịp thời cho các chủ nguồn thải trong trường hợp có chỉ số vượt giới hạn hoặc báo cáo cho cơ quan quản lý dựa trên dữ liệu truyền, từ đó nâng cao ý thức bảo vệ môi trường trong cộng đồng doanh nghiệp.

Mạng lưới quan trắc chất lượng môi trường do Trung tâm tâm Quan trắc tài nguyên và môi trường quản lý bao gồm: Quan trắc chất lượng môi trường không khí; Quan trắc chất lượng môi trường nước sông Sài Gòn - Đồng Nai; Quan trắc chất lượng môi trường nước kênh rạch; Quan trắc chất lượng môi trường nước biển ven bờ; Quan trắc chất lượng môi trường nước dưới đất; Quan trắc môi trường đất;…

Đồng thời, quản lý mạng Quan trắc lún mặt đất thành phố; Quan trắc chất lượng môi trường nước mặt; Quan trắc xung quanh các bãi chôn lấp rác; Quan trắc thủy văn lưu vực sông Sài Gòn - Đồng Nai khu vực TPHCM; Quan trắc thủy sinh tại TPHCM; tiếp nhận và quản lý số liệu quan trắc chất lượng nước thải, khí thải của các khu công nghiệp, khu chế xuất, khu công nghệ cao và các nguồn thải lớn.