Theo báo cáo của Trường Đại học Nguyễn Tất Thành, từ tháng 10/2016 trường đã đăng ký đánh giá chính thức cấp cơ sở giáo dục với Trung tâm kiểm định chất lượng giáo dục, Đại học Quốc gia TPHCM. Sau một thời gian tiến hành kiểm định, Hội đồng Kiểm định chất lượng giáo dục, Đại học Quốc gia TPHCM đã công nhận trường Đại học Nguyễn Tất Thành đạt chuẩn chất lượng cấp cơ sở giáo dục theo quy định của Bộ Giáo dục – Đào tạo.

Để được công nhận đạt chuẩn chất lượng cấp cơ sở giáo dục, Trường Đại học Nguyễn Tất Thành đã áp dụng các Bộ tiêu chuẩn kiểm định chất lượng (bao gồm cấp trường lẫn cấp Chương trình đào tạo của Bộ Giáo dục – Đào tạo và Mạng lưới Các trường Đại học Đông Nam Á) để làm cơ sở “tự điều chỉnh” các hoạt động. Mục tiêu của trường là hướng đến “đạt chuẩn” tất cả các lĩnh vực: đào tạo, nghiên cứu khoa học, phục vụ cộng đồng, đội ngũ, cơ sở vật chất… để xây dựng thành công hệ thống đảm bảo chất lượng của trường.