Ban quản lý khu vực phát triển đô thị Thủ Thiêm là đơn vị sự nghiệp trực thuộc UBND TPHCM, trụ sở của ban được đặt tại phường Cô Giang, Quận 1. Đơn vị có chức năng giúp UBND TPHCM quản lý đầu tư phát triển đô thị trong khu đô thị Thủ Thiêm, bao gồm quản lý, giám sát quá trình đầu tư phát triển đô thị theo quy hoạch và kế hoạch; đảm bảo sự kết nối đồng bộ và quản lý hệ thống hạ tầng kỹ thuật khung; trực tiếp quản lý các dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước được UBND TPHCM giao và thực hiện các nhiệm vụ khác về triển khai khu vực phát triển đô thị Thủ Thiêm.

Đồng thời, Ban có nhiệm vụ phối hợp với các cơ quan liên quan xây dựng kế hoạch 5 năm, hàng năm để thực hiện khu vực phát triển đô thị Thủ Thiêm; bao gồm đề xuất danh mục, loại nguồn vốn và lộ trình thực hiện các dự án đầu tư phát triển đô thị trong khu vực phát triển đô thị Thủ Thiêm, trình UBND TP phê duyệt và tổ chức thực hiện; tổ chức các hoạt động xúc tiên đầu tư trong khu vực phát triển đô thị Thủ Thiêm, nghiên cứu, đề xuất các chính sách ưu đãi, cơ chế đặc thù áp dụng đối với hoạt động đầu tư xây dựng trong khu vực phát triển đô thị Thủ Thiêm; theo dõi, giám sát việc thực hiện các dự án đảm bảo đúng quy hoạch, tiến độ…

UBND TPHCM cũng có quyết định thành lập Ban Quản lý khu vực phát triển đô thị Tây Bắc trên cơ sở sáp nhập Trung tâm dịch vụ, tư vấn đầu tư xây dựng trực thuộc Ban Quản lý Đầu tư – Xây dựng Khu đô thị Tây Bắc Thành phố và tổ chức lại Ban Quản lý Đầu tư – Xây dựng Khu đô thị Tây Bắc Thành phố. Ban có trụ sở đặt tại số 404 Tỉnh lộ 8, ấp mũi lớn 2, xã Tân An Hội, huyện Củ Chi với chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn tương tự Ban Quản lý khu vực phát triển đô thị Thủ Thiêm.