Mục tiêu nhằm kiện toàn công tác quản lý Y dược học cổ truyền TPHCM, phát triển theo chủ trương của Đảng và Nhà nước là “Kế thừa, phát huy phát triển y dược học cổ truyền, kết hợp y học hiện đại, xây dựng nền y học Việt Nam hiện đại khoa học và đại chúng”. Đồng thời phát triển ngành Y dược học cổ truyền như một ngành trọng tâm của TP, ngang tầm với khu vực để mang lại hiệu quả về kinh tế, qua đó giới thiệu một nét văn hóa về y học cổ truyền của TP.

UBND TP xác định kiện toàn hệ thống khám chữa bệnh bằng y học cổ truyền với những mục tiêu cụ thể như: Nâng cấp và cải tạo xây dựng hai bệnh viện là Bệnh viện Y học cổ truyền và Viện Y dược học dân tộc TPHCM theo hướng xã hội hóa và đầu tư ngân sách của TP thành hai bệnh viện đầu ngành về y dược học cổ truyền để thực hiện tốt công tác chỉ đạo tuyến về y dược học cổ truyền của TPHCM. Cụ thể, từ năm 2009 – 2010, Viện Y dược học dân tộc và Bệnh viện Y học cổ truyền chịu trách nhiệm hỗ trợ cho các khoa Y học cổ truyền của 10 bệnh viện đa khoa và 23 bệnh viện quận - huyện về chuyên môn y dược cổ truyền. Đồng thời, tất cả các bệnh viện đa khoa và các bệnh viện quận - huyện đều có khoa y học cổ truyền và có 1 biên chế là cán bộ y học cổ truyền. Tất cả Trạm y tế đều có bộ phận khám, chữa bệnh bằng y học cổ truyền, phấn đấu đạt 40% số thuốc được sử dụng tại Trạm y tế phường/xã là thuốc y học cổ truyền.

Từ năm 2011 – 2015, các bệnh viện đa khoa và bệnh viện quận - huyện sẽ hoàn thiện khoa Y học cổ truyền, góp phần vào việc điều trị kết hợp y học cổ truyền với y học hiện đại của bệnh viện.

TP khuyến khích phát triển các phương pháp khám chữa bệnh bằng y học cổ truyền, kết hợp y học cổ truyền và y học hiện đại trong việc chẩn đoán và điều trị cho bệnh nhân; chú trọng đến việc chăm sóc sức khỏe bằng phương pháp không dùng thuốc như tập luyện dưỡng sinh, xây dựng khu điều trị, điều dưỡng cho người lớn tuổi, câu lạc bộ sức khỏe, câu lạc bộ dưỡng sinh; châm cứu, xoa bóp dây ấn huyệt bằng phương pháp y học cổ truyền. Đặc biệt, TP cũng khuyến khích xây dựng Trung tâm chẩn trị y học cổ truyền kỹ thuật cao.

Về phát triển nguồn đông dược, phải đảm bảo chất lượng thuốc y học cổ truyền, thuốc có nguồn gốc, thuốc nhập khẩu chính ngạch, tăng cường giám sát chất lượng thuốc nhập khẩu. Đến năm 2010, chấn chỉnh các cơ sở kinh doanh thuốc, đảm bảo thuốc có nguồn gốc, có chất lượng.