Sau khi tiếp nhận thêm 2 thành viên mới, Liên đoàn bóng đá Việt Nam cũng thông báo 2 đội này sẽ cùng tham gia vòng loại của Giải futsal VĐQG 2019, sẽ thi đấu theo thể thức như sau:

Giai đoạn 1 (vòng loại) gồm 7 đội trong đó có 5 đội tham dự giải futsal Vô địch Quốc gia 2018: Kim Toàn Đà Nẵng, Sanna Khánh Hòa, Sanest Tourist Khánh Hòa, Thái Sơn Bắc, VietFootball và 2 đội lần đầu tham dự: Đà Nẵng, Quảng Nam. Các đội sẽ thi đấu vòng tròn một lượt để tính điểm, xếp hạng. 4 đội có thứ hạng cao nhất sẽ giành quyền tham dự Giai đoạn 2 của giải.

Giai đoạn 2 gồm có 10 đội, trong đó có 6 đội có thứ hạng từ 1 đến 6 tại giải Futsal Vô địch Quốc gia 2018: Thái Sơn Nam, Sanatech Sanest Khánh Hòa, Hải Phương Nam Đại Học Gia Định, Sài Gòn FC, Cao Bằng, Tân Hiệp Hưng và 4 đội vượt qua Vòng loại. Các đội sẽ thi đấu vòng tròn hai lượt (lượt đi - lượt về) để tính điểm, xếp hạng chung cuộc.

Bên cạnh đó, đội Vô địch giải futsal Vô địch Quốc gia sẽ đại diện Việt Nam tham dự giải futsal Vô địch các CLB châu Á; đội xếp thứ Nhì sẽ tham dự giải Vô địch các CLB Futsal Đông Nam Á.

Giải futsal VĐQG 2019 sẽ chính thức khởi tranh từ ngày 2/4 đến 12/4/2019 tại Nhà thi đấu trường ĐH Nha Trang, Khánh Hòa. Giai đoạn II được tổ chức từ ngày 15/4 đến 6/5/2019 (Lượt đi) tại Nhà thi đấu trường Đại học Nha Trang, Khánh Hòa và từ ngày 29/8 đến 19/9/2019 (Lượt về) tại Nhà thi đấu Lãnh Binh Thăng, Quận 11, TPHCM.