Các nhóm nhiệm vụ trọng tâm của kế hoạch gồm: đẩy mạnh cơ cấu lại kinh tế vùng theo hướng hiện đại, lấy khoa học công nghệ, đổi mới sáng tạo, kinh tế số, kinh tế chia sẻ, kinh tế xanh, kinh tế tuần hoàn là trọng tâm, đi đầu trong phát triển các ngành công nghiệp công nghệ cao, các ngành dịch vụ cao cấp, chất lượng cao; phát triển kết cấu hạ tầng đồng bộ và hiện đại; xây dựng và phát triển hệ thống đô thị; phát triển các lĩnh vực xã hội; quản lý tài nguyên và ứng phó với biến đổi khí hậu; phát triển kinh tế đối ngoại và hợp tác liên kết vùng, nội vùng; phát triển hạ tầng phòng cháy, chữa cháy và cứu nạn, cứu hộ; quốc phòng, an ninh…

Trong đó, vùng Đông Nam bộ sẽ phát triển mạnh một số ngành công nghiệp; các khu công nghiệp - dịch vụ - đô thị hiện đại và các khu công nghiệp công nghệ cao; xây dựng mới một số khu công nghệ thông tin tập trung tại TPHCM và hình thành vùng động lực công nghiệp công nghệ thông tin, thu hút đầu tư sản xuất các sản phẩm điện, điện tử, các sản phẩm Internet vạn vật (IoT), trí tuệ nhân tạo tại các tỉnh Đồng Nai, Bình Dương và Bà Rịa - Vũng Tàu.

Vùng cũng phát triển công nghiệp xanh, năng lượng sạch, năng lượng tái tạo gắn với bảo vệ môi trường; phát triển dịch vụ có chất lượng và có giá trị gia tăng cao trong các lĩnh vực tài chính, ngân hàng, bảo hiểm; công nghệ thông tin - viễn thông; khoa học công nghệ; giáo dục-đào tạo; y tế; du lịch; logistics. Đồng thời, vùng Đông Nam bộ phát triển mạnh, đồng bộ hệ thống logistics cấp quốc gia, quốc tế gắn với cảng biển, cảng hàng không, cửa khẩu quốc tế, các trục hành lang kinh tế trọng điểm và tuyến thương mại liên vùng tại TPHCM, Bình Dương, Long Thành, Nhơn Trạch (tỉnh Đồng Nai), thị xã Phú Mỹ (tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu), Tây Ninh; tập trung xây dựng Trung tâm logistics hàng không gắn với sân bay quốc tế Long Thành, đầu tư phát triển hệ thống logistics cảng tại Bà Rịa - Vũng Tàu và TPHCM.

Vùng cũng đẩy mạnh cơ cấu lại nông nghiệp theo hướng phát triển kinh tế nông nghiệp hiệu quả cao, sinh thái, bền vững trên cơ sở áp dụng quy trình sản xuất an toàn; xây dựng mới một số khu nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao tại TPHCM và các tỉnh trong vùng Đông Nam Bộ nhằm hình thành động lực phát triển các ứng dụng công nghệ cao trong nông nghiệp…

Cùng với đó, phát triển mạnh kinh tế biển, dịch vụ hậu cần cảng biển, dịch vụ bảo đảm an toàn hàng hải, công nghiệp khai thác, chế biến dầu khí, công nghiệp hỗ trợ và các dịch vụ ngành dầu khí và du lịch biển. Phát triển tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu thành trung tâm kinh tế biển quốc gia, bao gồm cảng biển du lịch và các loại hình du lịch sinh thái, nghỉ dưỡng, văn hóa, vui chơi giải trí chất lượng cao.

Về hạ tầng, vùng Đông Nam bộ ưu tiên phát triển hệ thống kết cấu hạ tầng kinh tế - xã hội, trọng tâm là các dự án giao thông kết nối, các dự án hạ tầng xã hội, hạ tầng khu công nghệ cao, khu công nghiệp; tập trung hoàn thiện mạng lưới giao thông vận tải theo quy hoạch, trong đó tập trung phát triển mạng lưới đường bộ cao tốc, đường vành đai TPHCM; đầu tư, nâng cấp các cảng hàng không, đặc biệt là cảng hàng không đầu mối của khu vực; quan tâm phát triển giao thông đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam, các tuyến đường sắt đô thị tại TPHCM…

Cùng với đó, vùng Đông Nam bộ nâng cao chất lượng đô thị, bảo đảm hiện đại, thông minh và kết nối với các đô thị lớn trong khu vực và trên thế giới; xây dựng và thực hiện đồng bộ các cơ chế, chính sách để phát triển TPHCM trở thành đô thị hiện đại, thông minh, dẫn dắt và tạo hiệu ứng lan toả, liên kết vùng đô thị, đủ sức cạnh tranh, hội nhập khu vực và quốc tế, có vai trò quan trọng trong mạng lưới đô thị của khu vực Đông Nam Á, châu Á.

Vùng Đông Nam bộ hình thành 3 tiểu vùng đô thị, trong đó tiểu vùng trung tâm gồm các đô thị: TPHCM; Biên Hòa, Nhơn Trạch (Đồng Nai); đô thị Bình Dương trên cơ sở cụm các đô thị gồm các thành phố Thủ Dầu Một, Thuận An, Dĩ An, Tân Uyên, Bến Cát và đô thị Bàu Bàng. Tiểu vùng ven biển gồm các đô thị: Vũng Tàu, Bà Rịa, Phú Mỹ (Bà Rịa - Vũng Tàu); Cần Giờ (TPHCM). Tiểu vùng phía Bắc gồm các đô thị: Đồng Xoài, Chơn Thành (Bình Phước); Trảng Bàng (Tây Ninh).