Bệnh viện cũng đã phát triển chương trình ghép gan, ghép tim, giác mạc, tủy, ghép da và hiện tại đang chuẩn bị phát triển các kỹ thuật ghép phổi. Để phát triển nguồn thận ghép, tạo sự công bằng trong ghép tạng, từ năm 2014, Bệnh viện Chợ Rẫy thành lập Đơn vị điều phối ghép các bộ phận cơ thể người. Trong đó phát triển Đơn vị ghép thận trở thành một trong những trung tâm ghép thận hàng đầu của cả nước.

Sau 30 năm, đã có 1.127 trường hợp được ghép thận tại đây, trong đó có khoảng 70 ca ghép thận từ người hiến chết não, tim ngừng đập.